Il Conservatorio delle Verginelle di Sant'Agata nasce nel 1587 per opera del filantropo Govanni Paolo Larocca col contributo del Senato cittadino; in esso erano ammesse, secondo le notizie tratte dalla Guida di Catania di Sebastiano Salomone, le ragazze povere che intendessero istruirsi "nei lavori donneschi o nelle materie elementari di coltura letteraria".

Distrutto dal terremoto del 1693, il plesso fu ricostruito nel 1697 grazie al contributo di Don Giuseppe Asmundo Mendicino (come ricorda la lapide che ancora oggi permane all'ingresso dell'edificio). La ricostruzione delle "Verginelle" va contestualizzata nel periodo dell'epoca: la società di allora vedeva le donne come un anello debole, da difendere e tutelare con un'azione caritatevole ma anche di controllo sociale.

Sorsero così, in tutta la parte nuova della città - l'attuale centro storico - diversi edifici in cui accogliere le donne "peccatrici" o "pericolate" (come le ex prostitute, le adultere, le ragazze madri) o le cosiddette "pericolanti", giovinette la cui "virtù" era fortemente a rischio a causa delle misere condizioni economiche familiari. Il complesso delle Verginelle fa parte proprio di questa seconda categoria di edifici. Vi accedevano, pagando una retta annuale (o facendola pagare da patrizi benefattori), le bambine di età compresa dai 7 ai 12 anni. Svolgevano lavori soprattutto tessili e artigianali e lì dentro costruivano la loro "dote" da portare al futuro marito o in convento, se il loro sbocco era la monacazione.

Dopo l'Unità d'Italia le attività all'interno dell'edificio cambiarono. Le bambine non svolgevano più semplici lavori artigianali, ma venivano educate a 360 gradi per diventare veri e propri "angeli del focolare", in grado di gestire l'economia familiare e di educare i figli. Successivamente, grazie alla riforma voluta da Crispi la gestione del Conservatorio passò sotto la giurisdizione di una Commissione provinciale e, in un secondo tempo, nel primo ventennio del '900, alla congregazione delle suore bocconiane che vi istituirono una scuola elementare.

Dagli anni '80 il plesso passò in gestione ad un altro ordine religioso di suore, l'Istituto Missionarie del Buon Maestro, fino al 2000, quando l'edificio fu acquistato, grazie alla determinante intercessione del prof. Rosario Soraci, dall'Università di Catania.